La conversión del Centro de Educación Básica a Instituto «Manuel Bonilla «, fue el 28 de abril del 2008 bajo decreto N. 2007-2008 con carácter oficial y publicado en el diario oficial la Gaceta.
Este instituto fue creado gracias a la lucha tenaz de un grupo de ciudadanos de la localidad con el propósito de servir a la juventud del municipio de Apacilagua del departamento de Choluteca.
Es importante destacar, la entrega y tenacidad de las personas, que conformaban el comité coordinador, quienes desinteresadamente y sin ganar ningún dinero, ofrecieron su concurso, para ayudar al desarrollo de esta noble causa, entre ellos mencionamos al señor Víctor Manuel Aguilar, Profa. Martha Escoto, Prof. Ramón Rosa Osorto, Prof. Julio Rene Cruz Y otros. Asimismo, contó con el apoyo del director Departamental de Educación y el profe Rafael Pineda Ponce quienes jugaron un papel fundamental en el soberano Congreso Nacional, en la presentación y aprobación del decreto ley de la creación del INSTITUTO «MANUEL BONILLA ”
Posteriormente se recibió todo el respaldo del Lic. Orlando Betancourt, quien desempeñaba el cargo de director de Educación Técnica en el Ministerio de Educación. Desde su inicio el Instituto tuvo un crecimiento acelerado, en 1998, se da inició con la apertura de la Jornada matutina como Centro de Educación Básica Manuel Bonilla, siendo su director el pro: José Armando Perdomo e iniciando funciones con una cantidad de doscientos estudiantes.
Desde su inicio la institución conto con el siguientes recurso humano docente: Profesores Ramón Rosa Osorto, Ada Leticia Flores, Hermes Aguilera, Julio Rene Cruz, Edwin Noe Portillo, Simón Vásquez.
En el año 2009 se crea el Instituto Manuel Bonilla, gracias a las gestiones realizada por el actual director, docentes del Centro Educativo y el comité coordinador. Luego de su conversión de Centro de Educación Básica a Instituto el año 2009 ingresaron Nuevos profesores haciendo las funciones de director el Lie. Cesar Iván Martínez Baquedano.
Entre los logros podemos mencionar la adquisición de un terreno y una infraestructura de 6 aulas de clases incluyendo el Taller de Hogar y la Sala de computación Al respeto se han hecho gestiones en el Congreso Nacional, Ministerio de Educación para ofertar en jornada matutina Tercer Ciclo de Educación Básica y las modalidades de Bachillerato Técnico en Informática (BTPI) y el Bachillerato Técnico Profesional en Innovación Agroforestal en la jornada Vespertina.
En la actualidad se sigue gestionando para la construcción de aulas clases, capacitación técnico Administrativa del personal, para poder constar con una estructura que llene todas las condiciones físico pedagógico y prestar un eficiente servicio educativo a los jóvenes y a la comunidad en general.
En la actualidad la institución funciona con dos jornadas de trabajo: Matutina, Vespertina, en la que se atiende una población estudiantil 221 Educandos atendidos por 18 profesores.
La fecha de aniversario del instituto es el 07 de junio de cada año.