Desde su creación en 1991, el Instituto Lenca oferto la modalidad del Ciclo Común de Cultura General atendiendo la población de las aldeas y del casco urbano del municipio de Yamaranguila, sin embargo, el año de 1998, en una mesa de concertación, después de un análisis de un estudio de contexto hecho por un grupo interdisciplinario, se define readecuar la educación en el municipio de acuerdo al plan estratégico municipal de desarrollo en el que se ocupa un lugar central el combate de la pobreza.

Para viabilizar la idea de orientar la educación hacia la formación de un ciudadano más productivo se organiza una comisión de trabajo para formular una propuesta de transformación curricular la cual realiza visitas a diferentes instituciones dedicadas a la educación en lugares en situación económica similar a Yamaranguila, es este sentido se tuvo contacto con los Institutos Técnicos Comunitarios (ITC), auspiciados por el Proyecto Lempira Sur/ FAO cuyo cometido más importante es realizar una educación que prepara al estudiante para el manejo sostenible de los recursos naturales incorporando a la población en la gestión educativa.

A partir de la experiencia de los (ITC) se decide impulsar la transformación curricular, orientando el ciclo común hacia el área agroforestal y la creación de Bachillerato en Ciencias Forestales en el año 2000, con el apoyo decidido de la Corporación Municipal presidida por el señor Roberto Abad Juárez (QDDG), quien fue un impulsor de la transformación de la educación en el municipio de Yamaranguila.

A partir del año 2010, se implementa la maya curricular de los bachilleratos técnico profesionales y el Bachillerato en Ciencias Forestales pasa a ser Bachillerato Técnico profesional en Administración Forestal y en año 2015 se realiza una adecuación curricular transformándose en BTP en Gestión Agroforestal , a partir del año 2023 se realiza nueva adecuación curricular y se se transforma en Bachillerato Técnico Profesional en Innovación y Desarrollo Agroforestal .

A raíz de la demanda se inicia con la diversificación de las carreras de educación media a partir del año 2011, implementando en ese año el BTP en Contaduría y Finanzas, en 2015 el BTP en Mecánica Automotriz, en 2017 el Bachillerato en Ciencias y Humanidades, en 2017 Bachillerato en Ciencias y Humanidades Acelerado y en 2019 se apertura el BTP en Promoción Social y Desarrollo Comunitario.

Desde su creación a la actualidad el instituto Lenca ha sido dirigido por la Licenciada Teresa de Jesús Meza Pineda.